| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
|
Data corrente: |
18/11/2020 |
|
Data da última atualização: |
18/11/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
PADILHA, L.; CAIXETA, E. T.; SILVA, F. R. da. |
|
Afiliação: |
LILIAN PADILHA, CNPCa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA. |
|
Título: |
Comparing methods of RNAseq analysis for species without a reference genome. |
|
Ano de publicação: |
2012 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTACIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas, São Paulo. Resumos... Campinas, SP, 2012. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
X-MEETING. |
|
Conteúdo: |
New sequencing technologies brought deep probing of transcriptomes (so-called RNAseq) to the reach of individual researches. Analysis of RNAseq sequences, however, depend on the alignment of reads to a reference genome. Some approaches have been proposed to allow de novo assembly of the transcripts, therefore allowing RNAseq to be used on organisms lacking a reference genome. The efficiency of those approaches, however, were tested only with diploid species. Here we propose a methodology to evaluate the results of de novo assembly of allotetraploid Coffea arabica RNAseq reads obtained from libraries of coffee leaves infected by Hemileia vastatrix. Trinity was able to assemble longer transcripts when compared to ABySS, SOAPdenovo and Oases. Moreover, the transcripts assembled by Trinity where more similar to the ones obtained using Cufflinks after aligning the RNAseq to 10 Coffea sp. publically available BAC sequences. Comparison of the most abundant transcripts with several Coffea sp. single copy described genes, though, shows that all assemblers failed to perfectly reconstruct the transcripts. |
|
Thesagro: |
Coffea Arábica; Genoma. |
|
Thesaurus Nal: |
Transcriptome. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/217932/1/2012-Resumo-Xmeeting.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 01751nam a2200181 a 4500
001 2126751
005 2020-11-18
008 2012 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aPADILHA, L.
245 $aComparing methods of RNAseq analysis for species without a reference genome.$h[electronic resource]
260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTACIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas, São Paulo. Resumos... Campinas, SP$c2012
500 $aX-MEETING.
520 $aNew sequencing technologies brought deep probing of transcriptomes (so-called RNAseq) to the reach of individual researches. Analysis of RNAseq sequences, however, depend on the alignment of reads to a reference genome. Some approaches have been proposed to allow de novo assembly of the transcripts, therefore allowing RNAseq to be used on organisms lacking a reference genome. The efficiency of those approaches, however, were tested only with diploid species. Here we propose a methodology to evaluate the results of de novo assembly of allotetraploid Coffea arabica RNAseq reads obtained from libraries of coffee leaves infected by Hemileia vastatrix. Trinity was able to assemble longer transcripts when compared to ABySS, SOAPdenovo and Oases. Moreover, the transcripts assembled by Trinity where more similar to the ones obtained using Cufflinks after aligning the RNAseq to 10 Coffea sp. publically available BAC sequences. Comparison of the most abundant transcripts with several Coffea sp. single copy described genes, though, shows that all assemblers failed to perfectly reconstruct the transcripts.
650 $aTranscriptome
650 $aCoffea Arábica
650 $aGenoma
700 1 $aCAIXETA, E. T.
700 1 $aSILVA, F. R. da
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
|
Data corrente: |
15/12/2011 |
|
Data da última atualização: |
28/08/2012 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
MELO, T. O. de; HANSEL, F. A. |
|
Afiliação: |
TAMIRES OLIVEIRA DE MELO, UTFPR; FABRICIO AUGUSTO HANSEL, CNPF. |
|
Título: |
Análise simultânea de ácido indol-3-acético e triptofano por cromatografia gasosa acoplado a espectrometria de massa. Parte 2. |
|
Ano de publicação: |
2011 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: EVENTO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA FLORESTAS, 10., 2011, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2011. |
|
Série: |
(Embrapa Florestas. Documentos, 225). |
|
Idioma: |
Português |
|
Notas: |
Resumo. |
|
Palavras-Chave: |
CG-EM; Composto vegetal; Derivatização. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/50604/1/Analise-simultanea-de-acido-Thamires-Fabricio.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 00654nam a2200169 a 4500
001 1909936
005 2012-08-28
008 2011 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aMELO, T. O. de
245 $aAnálise simultânea de ácido indol-3-acético e triptofano por cromatografia gasosa acoplado a espectrometria de massa. Parte 2.$h[electronic resource]
260 $aIn: EVENTO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA FLORESTAS, 10., 2011, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas$c2011
490 $a(Embrapa Florestas. Documentos, 225).
500 $aResumo.
653 $aCG-EM
653 $aComposto vegetal
653 $aDerivatização
700 1 $aHANSEL, F. A.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
